В настоящее время все пробиотики делятся на 3 группы: препараты, БАДы (парафармацевтики или нутрицевтики), продукты функционального питания, содержащие живые пробиотические микробы. Все пробиотики (препараты, БАДы, продукты) могут отличаться по количественному и видовому представительству входящих в них штаммов микробов.
К лекарственным средствам относятся лишь препараты — пробиотики. Современная классификация пробиотиков — лекарственных средств основана на различиях препаратов по составу и комбинациям живых микробных клеток со стимуляторами их роста и метаболитами. В зависимости от количества включенных в препарат штаммов индигенных микроорганизмов и их сочетаний различают монокомпонентные, поликомпонентные, комбинированные, бациллярные и метаболические пробиотики.